سیتسم ایمنی ذاتی شامل سدهای فیزیکی، شیمیایی و سلولی میباشد. مهمترین سدهای فیزیکی، پوسـت و غشاهای مخاطی میباشـند . سـدهای شـیمیایی شـامل قـدرت اسـیدی محتویـات معـده و مولکولهای تخصص یافته محلول با خاصیت ضد میکربی میباشند. سطح سلولی دفاع ایمنی ذاتی،شامل آرایشی از سلولهای با پذیرندههای حساس میباشند که محصـولات میکربـی را شناسایی نموده و بر ضد آنها تحریک میشوند. پاسخ به تهاجم عامل عفونتزا، که بر موانـع ابتدایی پوست و غشاهای مخاطی، فائق آمده است بسـیار سـریع (دقـائقی پـس از تهـاجم ) میباشد.

یکی از آشکارترین اجزای سیستم ایمنی ذاتـی در برابـر میکـروب هـای مهـاجم، سـدهای خارجی میباشند که شامل پوست و سطوح مخاطی مانند اپیتلیال مخـاطی مفـروش کننـده مجاری تنفسی، گوارشی و تناسلی میباشند و محیط های داخلی بدن را از پاتوژنهای دنیـای خارج جدا میکنند.

پوست، شامل دو لایه مجزای اپیدرم ( 1 لایه نازک خارجی) و درم ( 2 لایه ضخیمتر داخلی) میباشد. اپیدرم از چندین لایه سلولهای اپیتلیال به هم فشرده تشکیل شده است. خارجیترین لایه اپیدرم، انباشته از سلولهای مرده و پروتئین ضد آبی با نام کراتینمیباشد. درم از بافت پیوندی تشکیل شده و حاوی عروق خونی، فولیکوهای مو و غدد چربی و مولد عرق میباشد. پوست و اپیتلیوم، پوششی را برای محافظت بخشهای داخلی بدن از دنیای خارج فراهم میکنند. اما این سدهای فیزیکی بیشتر از یک روپوش غیر فعال میباشند. آنها همچنین با تولید و به کارگیری پروتئین و پپتیدهای با فعالیت ضد میکربی، دفاع فعال بیوشیمیایی را تدارک میبینند.

برخلاف پوست ، مجاری گوارش، تنفسی و تناسلی و چشـم هـا توسـط غشـاهای مخـاطی پوشیده شدهاند که از یک لایه اپیتلیال خارجی و یک لایه بافت همبنـد در زیـرآن تشـکیل میشوند. بسیاری از پاتوژنها، با نفوذ به این غشاها وارد بدن میشوند؛ دفاع در مقابـل ایـن ورود شامل شماری از مکانیسمهای دفاعی غیر اختصاصی میباشد. بـرای نمونـه، ترشـحات بزاق، اشک و مخاط باشستشو سبب دور شدن عوامل بـالقوه مهـاجم مـی شـوند و همچنـین حاوی مواد ضد باکتریایی و ضد ویروسی میباشند.مـایع چسـبنده ای کـه موکـوس نامیـده میشود و توسط سلولهای اپیتلی ال غشاهای مخاطی ترشح مـی شـود، میکروارگانیسـم هـای پوشیده 1 خارجی را به دام میاندازد. ها در مجاری تنفسی تحتانی، غشای مخاطی توسط مژک شده است. حرکت ضربانی مژهها، میکروارگانیسمهـای بـه دام افتـاده در مخـاط را از ایـن مجاری به بیرون میراند. با هر وعده غذا، مقادیر بالایی از میکروارگانیسمها را میبلعیم امـا آنها برای ورود باید از دفاعهای ابتدایی مانند ترکیبات ضد میکربی بزاق و اپیتلیوم دهان و مخلوطی از اسید و آنزیمهای هضم کننده معده عبور کنند. علاوه بر صـفوفی از دفـاع هـای بیوشیمیایی و آناتومیک، میکربهای پاتوژن برای بدست آوردن منابع بدن باید بـا بسـیاری از ارگانیسمهای غیرپاتوژن که در سـطوح مخـاطی اسـتقرار یافتـه انـد، رقابـت کننـد . ایـن فلورنرمال با محیط اطراف خود فوقالعاده سازگاری یافتهاند و معمولاً برای جایگاه اتصـال و تأمین احتیاجات غذایی خود از سطوح اپیتلیال نسبت به پاتوژنهای خارجی برتری دارند .

سیتوکین‌ها دسته‌ای از مولکول‌های پروتئینی محلول در آب هستند که از سلول‌های گوناگون و بیشتر در پاسخ به یک تحریک٬ ترشح می‌شوند و وظیفهٔ انتقال پیام بین سلول‌ها را برعهده دارند. پی‌آمد حضور سیتوکین٬ تغییر در رفتار سلول‌های دارای گیرنده سیتوکین ترشح شده از جمله رشد٬ تغییر و یا مرگ سلول است. کنش و اثر سیتوکین تولید شده از یک سلول بیشتر بر سلول‌های پیرامون همان سلول را شامل می‌گردد ولی می‌تواند کنش‌سیستمی و اثر بر تمامی ارگانیزم را بدنبال داشته باشد. سیتوکین دارای اثر اتوکراین (تغییر در خود سلول ترشح کننده) و پاراکراین (تغییر در دیگر سلول‌ها) بوده و می‌تواند مانند یک هورمون اثراتی بر سلول‌های بسیار دورتر از خود نیز داشته باشد.

بیگانه‌خوارها، فاگوسیت‌ها، یا ذره‌خوارها

سلول‌هایی هستند که بخشی از دستگاه ایمنیبدن را تشکیل می‌دهند. این سلول‌ها تواناییبیگانه‌خواری دارند؛ یعنی می‌توانند پاتوژن‌ها یا سایر سلول‌ها و مولکول‌های بیگانه، و نیز اجزای سلولی فرسوده را بلعیده و سپس هضم کرده و از بین ببرند. بیگانه‌خوارها در عفونت‌ها و پاسخ التهابی بدن نقش اساسی دارند.

بیگانه‌خوارها می‌توانند با تغییر شکل در غشاء سلولی خود پای کاذب ایجاد کنند، و به این ترتیب دور سلول‌های بیگانه را احاطه کرده و آن‌ها را در واکوئل سیتوپلاسم خود محبوس کنند. آنگاه، لیزوزوم‌های آن آنزیم‌های لازم برای هضم سلول بیگانه را ترشح کرده و آن را از بین می‌برند.

A cartoon: 1. The particle is depicted by an oval and the surface of the phagocyte by a straight line. Different smaller shapes are on the line and the oval. 2. The smaller particles on each surface join. 3. The line is now concave and partially wraps around the oval.
 
فاگوسیتوز در سه مرحله: 1. Unbound phagocyte surface receptors do not trigger phagocytosis. 2. Binding of receptors causes them to cluster. 3. Phagocytosis is triggered and the particle is taken-up by the phagocyte.

بیگانه‌خوارها عبارت اند از درشت‌خوارها،مونوسیت‌ها، نوتروفیل‌ها و ماستوسیت‌ها. بلع و هضم میکروارگانیسم‌ها توسط دو گروه اصلی از سلولها تحت عنوان میکروفاژها و ماکروفاژها(Microphage & Macrophage) انجام می‌گیرد. میکروفاژها نوتروفیلهای چند هسته‌ای هستند که قابل تقسیم شدن نبوده و دارای عمر کوتاهی هستند. این سلولها دارای گرانولهایی هستند که حاوی تعداد زیادی از فاکتورهای Bacteriocidal (کشنده باکتری) و ذخیره گلیکوژن می‌باشند. گلیکوژن تحت شرایط بی هوازی در مسیر گلیکولیز به مصرف می‌رسد و انرژی لازم جهت فعالیت بیگانه خواری را فراهم می‌کند. ماکروفاژها از منوسیتهای مغز استخوان حاصل می‌شوند و تحت عنوان سیستم رتیکولواندوتلیال در بافتهای مختلف جایگزین می‌گردند. برخلاف سلولهای پلی مورف، ماکروفاژها، دارای عمر طولانی هستند و دفاع اصلی را در برابر باکتریهای چرک زا(pyogenic) بعهده دارند.

سلولهای کشنده طبیعی( Natural killer cell) (NK cells) 

لنفوسیتهایی از سیستم ایمنی بدن هستند که در ایمنی سلولی و ایمنی ذاتی (Innate immune system) دخیل هستند.این سلولها جزء سیستم ایمنی ذاتی بدن هستند.

 سلولهای کشنده طبیعی با واسطه سیتوتوکسیسیتی می‌توانند اهداف خود را بدون وجود آنتی‌ژنهای سازگاری نسجی ( MHC = Major histocompatibility complex ) شناسایی کنند. سلولهای کشنده طبیعی اولین خط دفاعی در از بین بردن سلولهای سرطانی و سلولهای آلوده به ویروس می‌باشند.کاهش فعالیت این سلولها می تواند با بروز،استقرار و گسترش بسیاری از سرطانها ، عفونتهای ویروسی ، سندرمهای نقص ایمنی و بیماریهای خودایمنی همراه باشد.سلولهای NK، رده ای از سلول های مرتبط با لنفوسیت ها هستند که سلول های آلوده را شناسایی می کنند و با کشتن مستقیم این سلول ها و یا ترشح سایتوکاین های التهابی، پاسخ می دهند. سلول های NK، شامل 5 تا 20% از سلول های تک هسته ای خون و طحال می باشند. اصطلاح کشنده طبیعی، به این معنی می باشد که اگر این سلول ها را از خون یا طحال جدا کنند، بدون نیاز به فعال سازی اضافی، می توانند سلول های هدف مختلف را بکشند و نیازی به وجود خاطره نمی باشد.

اینترفرون ها( Interferon)

نوعی از پروتئین‌ها هستند که سلول‌های میزبان در پاسخ به تهاجم عامل بیماری‌زا (مانند ویروسها، باکتری، انگل و سرطان) آزاد ساخته و موجب تحریک سیستم ایمنی و افزایش مقاومت بدن می‌شوند. اینترفرون‌ها از دسته سایتوکاینها می‌باشد.

 ینترفرون‌ها موجب تحریک سیستم ایمنی و افزایش مقاومت بدن در برابر عوامل بیماریزا می‌شوند. برخی موجب فعال شدن سلولهای ایمنی مانند سلولهای کشنده طبیعی (Nk) و ماکروفاژها می‌شوند. یا با ارایه آنتی ژن عوامل بیماریزا به لنفوسیتهای T موجب بهتر شناخته شدن آنها و تشدید پاسخ ایمنی می‌شوند. همچنین مقاومت سلولهای سالم به ویروسها را افزایش می‌دهند. اینترفرونها در ایجاد برخی از علایم بیماریهای عفونی مانند احساس خستگی و تب نیز نقش دارند.

دستگاه کمپلمان یا سیستم کمپلمان ( Complement system)

مجموعه‌ای از عوامل (کمپلمانها) است که به سلولهای ایمنی در از بین بردن سلولهای بیگانه و تولید پادتن کمک می‌نماید. پروتئین‌های این سیستم طی واکنش آبشاری و پی در پی بر روی یکدیگر عمل نموده و محصول هر واکنش بر ایجاد واکنش بعدی اثر می‌گذارد. به طور کلی سامانه کمپلمان جزئی از دستگاه ایمنی ذاتی بدن است لذا پاسخ آن غیراختصاصی و فوری است ولی در ایمنی تطبیقی (بخصوص پاسخ هومورال) نیز نقش حائز اهمیتی دارد.

سیستم کمپلمان مجموعه متنوعی از پروتئین‌هاست که از نظر ساختار شیمیایی و عملکرد بیولوژیکی با یکدیگر متفاوتند. این پروتئین‌ها از دو یا سه زنجیره پلی پپتیدی تشکیل یافته‌اند که به وسیله پیوندهای دی سولفیدی به یکدیگر متصل شده‌اند. زنجیره بزرگتر آلفا، زنجیره کوچکتر بتا و اگر در مولکول پروتئینی زنجیره سومی هم وجود داشته باشد گاما نامگذاری می‌شود. حداقل ۳۰ نوع پروتئین مختلف در سیستم کمپلمان تاکنون شناخته شده که حدود ۵٪ وزن گلوبولین‌های پلاسما را تشکیل می‌دهند. این پروتئینها عمدتاً توسط کبد و بصورت غیر فعال ساخته و وارد خون می‌شوند و در اثر آنزیمهای پروتئاز بخشی از مولکول آنها جداشده و فعال می‌شوند.

سیستم کمپلمان در دفاع بدن چهار کار مهم انجام می‌دهد: اپسونیزاسیون (اتصال به آنتی ژنها و تسهیل فاگوسیتوز آنها)، کیموتاکسی(جذب ماکروفاژها و نوتروفیلها به محل آنتی ژن)، تخریب سلول مهاجم (با پاره کردن غشای آنها) و تجمع عوامل تحمل آنتی ژن (Clumping of antigen-bearing agents)

سیستم کمپلمان از سه روش راه کلاسیک، راه آلترناتیو و راه لستین (Lectin pathway) فعال می‌شود. فعال شدن آبشاری این پروتئینها موجب کمک به از بین بردن عوامل بیماریزا، انقباض ماهیچه‌های صاف، افزایش نفوذپذیری مویرگ‌ها، تحریک سلول‌های ماست سل و بازوفیل به ترشح آمین‌های وازواکتیو مانند هیستامین و لوکوترین و وادار کردن سلول‌های گرانولوسیت به ترشح آنزیم لیزوزومی است.